貴船神社の奥宮は，本宮の北800メートルに鎮座する。
ここは貴船神社が最初に鎮座した霊地である。
景勝地でもあるため，早くから貴族の崇敬も篤く，和泉式部が参詣して歌を詠んだことが有名である。
永承元年（1046）の水災のため，現在の本宮の地に移転した。
祭神は闇龗神（くらおかみのかみ），罔象女神（みずはのめのかみ），国常立神，玉依姫である。
朱の鳥居の先に小川がある。
平安時代，夫の心変わりに悩んだ和泉式部（いずみしきぶ）が当社に参詣した故事により，この川は「思ひ川」と呼ばれるようになったという。
鳥居から杉並木の参道を150メートルほど進むと神門がある。
かなり広い境内の中央に，拝殿があり，その奥に本殿が見える。
本殿の下には，水の湧く龍穴があるという。
反正天皇（第十八代天皇）の御代に，玉依姫命（神武天皇の母）が現れ，淀川から船でこの地に至り，龍穴の上に社殿を建てることを命じたと伝える。（社伝ではこれをもって当社の創立としているようである。）
本殿の右には，社殿建て替えの時に使う「権地」がある。
玉依姫命の船を，人目をはばかって石積みで隠したとされる「御船形石」が拝殿の横にある。
