佐紀神社は，近鉄（奈良線）大和西大寺駅の東650メートルの西畑と呼ばれる場所に鎮座する。
当社を『延喜式』（神名帳）の「佐紀神社」（添下郡十座の一）に当てる説があり，参道の入り口に「式内 佐紀神社」と刻された石碑が置かれている。
ただし当社は，東方150メートルの亀畑地区に鎮座する同名の佐紀神社から分祀されたと推測されている。
徳川期の古図に亀畑の佐紀神社は「二條宮」として見えるが，当社の記載はない。
祭神は亀畑の佐紀神社と同じく，天兒屋根命，經津主命，六御縣神の三柱である。
拝殿は入母屋造瓦葺。
拝殿の奥に本殿（一間社流造）がある。
