南門から境内に入ると白木の鳥居が目に入る。その奥に小祠が建っている。これが「元宮」である。
よく知られているように，靖国神社の前身は，幕末の動乱で倒れた朝廷方の死者を祀る東京招魂社（明治二年創立）である。
ところが，東京招魂社創立の数年前，文久二年（1862）と同三年（1863）に，福羽美静（ふくば びせい, ふくば よししず；国学に傾倒した津和野藩士）らが京都某所でひそかに招魂儀礼を実施し，小祠を建てた。招魂儀礼の対象は，桜田門事件や坂下門事件などで倒れた倒幕派の志士であった。
この小祠を，昭和六年（1931）に京都から靖国神社の境内に遷したのが，この「元宮」である。