薬師神社は，関屋駅の南500メートル，県道から一歩入った場所に鎮座する。周囲は住宅地である。
かつて関屋に「有明館」という鉱泉場があり，その経営者が茨城県ひたちなか市の酒列磯崎神社（さかつらいそさきじんじゃ）から薬師社を勧請して祀ったのが起源だという。
祭神は少彦名命（すくなひこなみこと）である。少彦名命は医薬の神，温泉の神とされ，神仏が習合していたころは薬師如来が本地だともされていた。
社殿は神社らしくない。公民館かなにかを兼ねているのだろうか。
狛犬（獅子）は，新潟市街ではあまり見かけない顔つきである。年代は不明。