水嶋磯部神社は，筒石漁港の東の高台に鎮座する。『越後国式内神社考』は，当社を式内「水嶋磯部神社」（頸城郡十三座の一）とする説を紹介している。
創立年は不詳。上杉謙信公が能登の七尾城を攻めるにあたって当社に祈願したという伝承がある。
もと諏訪大明神を称していたが文化十一年（1814）に改称したという。大正十四年に村社に列せられた。
祭神は建御名方命で，天照皇大神，豊受大神，奇日方命（クシヒカタ）を配神として祭り，船玉神を合殿として祭る。
境内に地主神社と称する一社が鎮座する。祭神は不詳だが，「葉比呂ノ跼翁」を祭るともいう（『西頸城郡誌』）。
