木本（このもと）神社は，梅津（うめづ）集落に，東向きに鎮座する。
「神社明細帳」に「佐渡國加茂郡梅津村字濱 村社・木本神社」とある。
木花咲耶姫命祭神とする産土神であるが，由緒は不明。明治六年（1873）に村社に列せられた。
大正六年（1917），龍田神社と事比羅神社を境内神社に編入合併した。現在は大綿津見神，大己貴命，天之御中主神，崇徳天皇，豊玉比売命も祀られている。
かつては梅津川のほとりに鎮座し，宝暦二年（1752）に現社地に遷ったとする伝承がある。
安永七年（1778）と文化四年（1807）に本殿を改築したと伝える。古くは木本大明神と称したが，明治初年に現社号にあらためたという。
大正七年の羽黒山大火に類焼し，現在の社殿は同八年に再建されたものである。