小比叡神社は，旧小木町小比叡の蓮華峰寺（れんげぶじ）の境内に鎮座する。もとは蓮華峰寺の鎮守であった。
創立年は不詳だが，大同年間（806-809）創立とも伝える。
もと山王権現と称したが，明治期の神仏分離政策によって小比叡神社と改称した。
大己貴命を祭神とし，合殿に白山毘咩命を祭る。また天満宮（菅原道真公）も祭っている。
石の鳥居は佐渡の初代奉行・大久保長安が奉納したもので，「慶長十三年」（1608）の銘を持つ。
茅葺きの拝殿の額には「白山権現・山王大権現・天満大神宮」と書かれている。
拝殿の背後に本殿を保護する覆屋の屋根が見える。本殿は室町時代の様式を伝えるとされ，石鳥居とともに国の重要文化財に指定された。