日吉神社（日枝神社）は，日本三不動尊のひとつ「菅谷不動尊」として知られる諸法山菅谷寺（かんこくじ）の裏手の高台に鎮座する。
菅谷寺は護念上人が比叡山中の不動尊を奉じて開いたとされる古刹である。
当社は，護念上人に随行した祝部成時が比叡山から山王社を勧請し，不動明王が安置された翌年の文治二年（1186）に創建したという。菅谷寺の守護神としたのである。（参考：山王信仰とは？）
現在の祭神は大山咋命と天照皇大神である。社号を「神明社」とする文献もある。
石段を登り終えると朱の山王鳥居が建っている。
拝殿の前に三つめの鳥居がある。左の石塔は「湯殿山」である。
