薬師神社は，旧岩船郡朝日村の古渡路地区に鎮座する。村史は「玖𤥴神社」に作る。
「神社明細帳」（明治二十二年）に「岩舩郡舘腰村大字古渡路字下藏 無格社・藥師神社」とある。
創立の時期は不明である。
神仏習合時代に薬師如来を祭っていたが，明治になって祭神を大己貴命とし，社号も変えたのである。
明治十六年の「明細帳」では「薬師堂 本尊藥師如来」として届け出たが，同二十二年に「神社」として変更を願い，許可された。
開放的な拝殿は新潟では珍しい。
拝殿の額には「醫王宮」とある。
社殿は大きく，細部の装飾も手が込んでいる。