西奈彌羽黒神社（せなみはぐろじんじゃ）は，JR（羽越本線）村上駅の東1.2キロメートル山居山（さんきょやま）の中腹に鎮座する。
当社は「延喜式」の「西奈彌神社」（磐船郡八座の一）の論社である。村上駅北東1.5キロメートルに鎮座する西奈彌神社（瀬波浜町）も西奈彌神社の候補である。
当社は，持統天皇の元年（687）に奈津姫命（ナツヒメノミコト）を奉祀したと伝えられる。
この時は，当社の北東800メートルの臥牛山の山頂に祭られていた。奈津姫命は当地を開発したとされる神で，羽戸山命（ハドヤマノミコト；素戔嗚命の孫）の子とされる。
時代が下って，天正年間（1573-1591）に本庄繁長（ほんじょうしげなが；上杉家の重臣）が出羽の羽黒山から勧請して西奈彌羽黒三社大権現として崇敬した。
慶長三年（1598）に村上勝頼が臥牛山の中腹に社地を遷したが，寛永十年（1633）に堀直奇（ほりなおより）が現在地（山居山）に遷座した。
現在の祭神は，奈津姫命，倉稲魂命（出羽羽黒神社から勧請），月読命である。
