六柱神社は，佐賀関の古宮地区に鎮座する。フェリーターミナルがある海岸までは600メートルほどである。
当社の鎮座地は早吸日女神社の故地である。
『日本書紀』（巻第三）によれば，皇暦紀元前七年（667 B.C.）神武天皇が東遷の途中，当地に至った。海女が，大蛸が守護する神剣を献上し，天皇みずからこれを御神体としてこの地に奉斎した。以後，この地に鎮座したが，大宝元年（701），神慮によって当地の東1.8キロメートルの地に遷座した。これが現在の早吸日女神社である。
里人が新たに旧社地に社殿を建立し，早吸日女大神を勧請して崇敬を続けたのが当社である。したがって祭神は早吸日女神社と同じく，八十枉津日神（やそまがつび），大直日神（おほなほび），底筒男神（そこつつのを），中筒男神（なかつつのを），表筒男神（うはつつのを），大地海原諸神（おほとこうなばらもろもろ）の六柱である。
参道は長く，途中に灯籠や石鳥居がある。
社地が狭いためか，拝殿が妻入りで建っている。
拝殿の背後に流造りの本殿がある。
