日吉神社（ひよしじんじゃ）は，JR（日豊本線）坂ノ市駅の南1キロメートルに鎮座する。
社地は，古墳のような形状の高台である。
参道の入口に昭和八年（1933）寄進の大きな鳥居が建っている。
白鳳年間（七世紀後半）に近江の日吉大社を勧請したのが発祥である。
大友能直（おおともよしなお，鎌倉初期の御家人で，豊後の大友氏の祖）が豊後入国のさい（1196年）神領を寄進し，以後，大友氏が篤く崇敬した。
天正十四年（1586），島津義久の兵火にかかり，記録等を失った。
慶長六年（1601），加藤清正が当地の領主となり，上野遠江守の城内に鎮座した熊野権現を合祀して再建した。
その後，細川氏の領地となり，寛永十一年（1634）に宝殿が建立された。元禄九年（1696），細川綱利公（第三代肥後藩主）が鳥居を寄進した。
明治八年（1875），木田神社と改称した。昭和七年（1932）に県社に昇格し，日吉神社と改称した。
現在の祭神は大己貴命，伊弉諾尊，伊弉冉尊，菊理媛命である。
