石井神社は，「延喜式」所載の「石井神社」（三嶋郡六座の一）の論社である。当社のほか，出雲崎町石井町の石井神社や柏崎市北条の石井神社，長岡市上石井の石井神社，柏崎市西本町の住吉神社も「式内石井神社」の候補である。
旧西山町と出雲崎町の境界，石地（いしじ）に鎮座する。社地は，海岸から少し離れた丘陵地である。
主祭神は石凝姥命とされるが，当社所蔵の「石井神社記録上書」（明治三年）によると，祭神は伊斯波許理度売命（石凝姥命）のほかに句句迺馳（くくぬき）命，加具土命，金山毘古命，波邇夜須姫（はにやすひめ）命，彌都波能売（みつはのめ）命，磐土命，赤土命，底土命，大綾津日命，大直日命，大地海原命の十二柱とされている。
他の文書に「石井十二神社」「石井十二明神」等の記載も見え，かつては「十二神社」と呼ばれていたらしい。
社殿の横に神楽殿があり，拝殿とつながっている。
拝殿内に祭神や社号を記した額が掛かっている。
拝殿の背後に本殿が建っている。
